Die Silhouette der Hoyerswerdaer Altstadt wird vom Rathaus der Stadt, dem Hoyerswerdaer Schloss und der barocken Kuppel der Johanneskirche wesentlich geprägt. Die Johanneskirche, auch als Stadtkirche bezeichnet, gilt zusammen mit dem Schloss als einer der ältesten Gebäude der Stadt. Trotz Kriegsgeschehnissen und verschiedenen Bränden erschien das Bauwerk bis 1945 nahezu unzerstörbar, bis ein Großbrand infolge von Artilleriebeschuss die Kirche am 19. April 1945 bis auf die Grundmauern niederbrennen sollte. Salomon Gottlob Frentzel (1701–1768), Pfarrer und Chronist, schrieb 1744 in seiner Hoyerswerdaer Chronik: "Was am meisten zu verwundern, so ist diese Kirche niehmals abgebrannt, ob gleich der gerechte GOtt die Stadt oft mit grossen Feuer heimgesuchet, und dadurch auch nahe um die Kirche herum alle Gebäude in die Aschle geleget worden. Wofür man Ursache hat GOttes Güte zu preisen, und uihm zu dancken, daß er denjenigen Ort, wo er seines Namens Gedächtniß gestiftet, mitten unter der wütenden Flamme beschützet und erhalten." (Frentzel, Historischer Schau-Platz Oder Chronike und Beschreibung, S. 17.)
Der früheste Kirchenbau in Hoyerswerda stand wahrscheinlich bereits im Jahr 1225. Zu dieser Zeit fand in Kamenz die Weihe der dortigen Pfarrkirche durch den Bischof von Meißen, Bruno II., statt. Dieser wiederum ordnete dieser sowohl eine Kirche in Ruhland als auch in Hoyerswerda unter, wie August Ernst Schuster in seiner 1842 erschienenen Chronik von Hoyerswerda schrieb. Auf das Jahr 1346 ist die erste urkundliche Erwähnung der Hoyerswerdaer Stadtkirche datiert. Um das Jahr 1500 wurde eine dreischiffige Hallenkirche und 1526 erfolgte der Anbau eines Turmes mit "welscher Haube und Laterne". Salomon Frentzel schreibt zum Bau der Kirche folgendes: "Die Kirche soll auf lauter eichenen Phälen stehen; wenn aber solche erbauet, weiß man so genau nicht, weil man davon nirgends etwas aufgezeichnet findet; daß sie jedoch sehr als seyn muß, siehet man theils an denen alten Altären, theil auch an denen alten Epitaphien, massen darinnen Epitaphien zu finden, so in den Jahren 1507, 1522, 1523 und auch eins, so 1481 gesetzet und aufgerichet worden. Das alte Altar, das im Jahre Christi 1516 erbauet, wurde 1689 unter der Regierung Ihro Chur-Printzl. Hernn, Herrn Johann George des dritten, abgenommen, und an dessen statt 1690 ein neues aufgesetzt. Das allerälteste Altar, wie schon gedacht, welches zu Geyerswalde zu finden, ist im Jahre Christi 1421 verfertiget. Dahero auch einige muthmassen, als ob in diesem oder vorhergehenden Jahre die Kirche sey erbauet." (Frentzel, Historischer Schau-Platz Oder Chronike und Beschreibung, S. 16f.)
Am 24. Juni 1540 fand im Zuge der Reformation schließlich der erste evangelische Gottesdienst unter Leitung des vormaligen Mönches Basilius Laurentius statt. Am 25. Oktober 1717 wurde die Kanzel der Kirche, die an einem von acht Steinpfeilgern angelegt war, eingeweiht, und zwar im Rahmen einer deutschen und wendischen Predigt durch Christian Martini, damaliger Oberpfarrherr. Gegenüber der Kanzel war eine große Orgel zu finden und neben der Herrschaftsloge befand sich die Kirchenbibliothek.
"Um vor dem Altare sind die drey Beicht-Stühle, dem Altare gegen über die Herrschafts-Empor-Kirche, unter derselben die Raths-Stühle, an dem Fusse des Altars ist die Gruft oder das Begräbniß derer hiesigen gewesenen Herrschaften, und darneben der Tauf-Stein. Neben dieser Haupt-Kirche unter dem Kirchen-Thurme ist die teutsche Kirche oder Capelle für die teutsche Gemeinde, und in vorigen Jahrhunderten erbauet worden. Denn nachdem sich die teutsche Gemeinde vermehret, hat sich solche darauf von denen Wendischen abgesondert, unbeschadet nach der alten Verfasssung derer Accidenzien für die Diaconen." (Frentzel, Historischer Schau-Platz Oder Chronike und Beschreibung, S. 18f.)
Die sogenannte deutsche Kapelle, auf die Frentzel verweist, ist wahrscheinlich im 17. Jahrhundert quer vor der Johanneskirche, damals "Wendische Kirche", und wurde um 1700 erweitert, allerdings 1835 wegen Baufälligkeit gesperrt und schließlich 1850 abgerissen.
"Anfangs gieng die teutsche Gemeinde erst unter dem Glauben aus der Wendischen oder Haupt-Kirche in die Capelle, woselbst ihnen der Ober-Pfarrherr eine teutsche Predigt hielt. Nunmehro geniesset die teusche Gemeinde in derselben ihren völligen Gottesdienst. Jedoch werden alle Priesterliche Handlungen in der Haupt-Kirche verrichtet. Im Jahre Christi 1700 wurde diese Capelle erweitert, wiewohl der Anfang zu solcher Erweiterung schon im Jahre 1697 gemacht wurde, wie solches folgende Ueberschrift, so an einem Schwibbogen stehet, zu ersehen." (Frentzel, Historischer Schau-Platz Oder Chronike und Beschreibung, S. 16f.)
Zum Zeitpunkt des Abrisses der deutschen Kapelle fand eine umfassende Turmerneuerung der Hauptkirche statt. Bis dato besaß der Kirchenbau eine Art Zwiebelturm, der im Stil der Neogotik aufgebaut wurde und bis zu seiner Zerstörung im Jahr 1945 unverändert blieb. Nach dem Ende des Zweiten Weltkrieges stand die Gemeinde der Johanneskirche zunächst ohne kirchliche Räume da. Das Gotteshaus war vollkommen zerstört, ebenso gab es weder ein Pfarrhaus noch andere Räumlichkeiten für Gemeidnezwecke. Zur Johanneskirchgemeinde gehörte die Kreuzkirche, die um 1700 im Zuge der Anlage eines neuen Friedhofes nahe dem Wittichenauer Tor gebaut wurde. Diese Kirche, die 1812/1813 als Lazarett genutzt wurde. Diese Kirche wurde zuerst von Kriegsschäden, weil geringer als bei der Johanneskirche, befreit und zunächst für alle Kirchen- und Gemeindedienste verwendet. Als im Jahr 1947 hier eine Orgel von Eule aus Bautzen eingebaut wurde, erfolgte zeitgleich die Errichtung des sogenannten Schwedenhauses auf den noch vorhandenen Grundmauern der zerstörten Superintendentur der Johanneskirche und wurde auf den Namen Lutherhaus geweiht. Als Bartning-Notkirche, Otto Barting (1883-1959, Architekt) war verantwortlich für die Entwicklung eines Programms zum Bau von evangelischen Kirchen nach dem Zweiten Weltkrieg, wurde das Lutherhaus von da an als neues Veranstaltungshaus genutzt. 1955 konnte mit dem Wiederaufbau des Pfarrhauses, das neben dem Lutherhaus stand, begonnen werden und 1958 erfolgte die Einweihung.
Der Wiederaufbau der Johanniskirche erfolgte ab 1951. Zunächst wurden der Schutt beseitigt und die Trümmer ausgeräumt. Im Oktober 1951 durfte auf Genehmigung des Kreisrates mit dem Kirchtumwiederaufbau begonnen werden, der zunächst gesichtert wurde und mit einem Behelfsdach samt Kreuz versehen wurde. Am 22. März 1952 konnte bereits die bronzene Glocke des Turms aufgezogen werden. Sie war bereits vor der Zerstörung Bestandteil des Kirchgeläutes gewesen und war unversehrt, obwohl sie während des Krieges bereits nach Hamburg gebracht wurde und dort eingeschmolzen werden sollte. Nach der Turmrekonstruktion erfolgte der Aufbau des Dachstuhles. Am 24. Oktober 1953 wurde das Richtfest gefeiert und im Frühjahr 1954 die Deckung des Daches vollzogen. mit dem Innenausbau wurde im Dezember 1954 begonnen und im Juli 1955 konnte der erste Gottesdienst in der fertig verputzten Kirche gefeiert werden.
Bis zum 6. Oktober 1957 dauerte der Innenausbau, bevor zum Erntedankfest die Kirche durch den damaligen Bischof Hornig eingeweiht wurde. In Erinnerung an die erste evangelische Predigt aus dem Jahr 1540, die damals an St. Johannes stattfand, beschloss der zuständige Gemeindekirchenrat die Benennung der Kirche in Johanneskirche. 1984 fand schließlich das Richtfest für die neue Turmspitze statt. Der Gemeindekirchenrat hatte entschieden, dass statt der vormaligen neugotischen wieder die welsche Form der Spitze errichtet werden soll, auch wenn der Turm damit eine Höhe von 55 Metern statt wie bis 1945 70 Metern bekam. Mit der Neubekrönung des Turms sollte der Wiederaufbau der Kirche abgeschlossen sein. Zum weiteren Erhalt und notwendigen Restaurierungsarbeiten hat sich im Jahr 1994 Kirchbauverein gegründet, der "verantwortlich für das Wohl und Wehe des Gebäudes Kirche und dessen Umfeld Sorge zu tragen" ist.
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Frentzel, Salomon Gottlob, Historischer Schau-Platz Oder Chronike Und Bechreibung Der Königlichen und Churfürstlichen Sächsischen Stadt und Herrschaft Hoyerswerda im Marggraffthume Ober-Laußitz Aus glaubwürdigen Uhrkunden Uhrkunden und Nachrichten gesammlet und in richtige Ordnung gebracht..., Leipig/Bautzen 1744.
Schuster, August Ernst, Versuch einer Geschichte der Stadt Hoyerswerda: von ihrer Entstehung bis auf die neueste Zeit, Hoyerswerda 1842.
Die Chronik der Stadtkirche Hoyerswerda, http://chronik.kirche-hy.de/indexframe.html [Stand 08.02.2013].